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建设银行短信服务费是按照以下方式扣除的。
1、账户余额变动通知服务，每月需要扣除的费用为3元，如果出现信用卡逾期还款或账户余额低于银行规定的最低余额时，银行会通过短信进行提醒，此时会收取一定的短信服务费，该费用会在账单日扣除，如果账户余额不足，银行会先发送短信通知用户及时缴费，当账户余额充足时，银行会自动进行补扣，如果短信服务费扣费不成功，银行会从用户的信用卡余额中直接扣除该费用。
2、短信服务业务收取标准为包月服务费每月3元，每年收取的服务费为30元，可以发送约30条短信，按年一次性收取服务费的方式会在用户办理业务的手机号码上直接扣除，具体的扣费时间取决于用户首次办理业务的日期，如果用户是在某月的五号首次办理业务并签约短信服务业务的话，那么会从该月的五号开始计费，银行会一次性扣除一年的费用，此后每年的这一天都会自动进行扣费操作，银行也会根据用户的交易金额和笔数进行不定期提醒，这种提醒服务不会额外收费，如果用户想取消短信服务业务，可以通过柜台或电话服务进行取消操作，取消后，银行将不再自动扣款，如果取消前已经扣除费用，银行不会进行退款操作。
扣费方式仅供参考，具体扣费规则可能因个人用卡情况而有所不同，如有疑问，建议咨询建设银行客服或柜台工作人员以获取最新、最准确的信息。